Hlynur er yfirvísindamaður hjá Ferskvatnsdeild Haf- og ferskvatnsrannsóknastofnunar (MFRI) á Íslandi. Eftir að hafa lokið doktorsprófi í líffræði við Háskóla Íslands, 2016, hóf hann störf hjá MFRI og frá 2017 hefur hann stýrt árlegum vöktunarkönnunum á laxastofnum á Norðausturlandi, þar á meðal fimm af sex ám í Sex River Project. . Árleg könnun á ám á Norðausturlandi hefur verið framkvæmd af Hafrannsóknastofnun í meira en 40 ár.